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FAPホワイトニング後は、歯の上にのせてある薬をふきとるので、体内に流れる心配はありません。万が一飲み込んでしまっても、自然に体外に排泄されますし、基本的な成分はカルシウムですので安全です。
治療中の痛みはほとんどありませんが、しくしく、スースーする程度です（虫歯や歯の先端が磨り減っている歯や、エナメル質が薄い下の前歯など）。その場合、歯科医院で鎮痛剤を処方されることもあります。また、痛みが出ても治療当日でひいていきます。
通常のホワイトニングは、歯の表面をざらついたスリガラス状にするため、歯の表面に汚れがつきやすくなり、少なからずダメージを受けますが、FAPホワイトニング法は、虫歯予防効果のある強化カルシウムが歯の表面を補強し強く、白くします。